Torsion angle restraint file: Difference between revisions

From CYANA Wiki
Jump to navigation Jump to search
No edit summary
No edit summary
 
(5 intermediate revisions by the same user not shown)
Line 1: Line 1:
  6 SER  PHI    -200.0  -80.0
Dihedral angle constraint files contain direct constraints on individual dihedral angles in the form of an allowed interval [φ<sub>1</sub>,φ<sub>2</sub>] with
  6 SER  PSI      40.0  220.0
φ<sub>1</sub><φ<sub>2</sub><φ<sub>1</sub>+360°. This implies that the allowed interval must not degenerate
  10 GLN  PHI    -200.0  -80.0
to a point. A data line contains the residue number, the residue
  10 GLN  PSI      40.0  220.0
name, the dihedral angle name, the lower and upper bounds of the allowed
  11 LYS  PHI    -200.0  -80.0
interval in degrees, and, optionally, the relative weight of the constraint.
  11 LYS  PSI      40.0  220.0
The default relative weight is 1. Relative weights should be
  15 GLU  PHI    -200.0  -80.0
positive. The weight of a constraint in the target function equals the relative
  15 GLU  PSI      40.0  220.0
weight times the weighting factor for the corresponding type of
  16 GLN  PHI    -200.0  -80.0
constraints.
  16 GLN  PSI      40.0  220.0
  18 TRP  PHI    -200.0  -80.0
  18 TRP  PSI      40.0  220.0
  19 TYR  PHI    -200.0  -80.0
  19 TYR  PSI      40.0  220.0
  22 ALA  PHI    -200.0  -80.0
  22 ALA  PSI      40.0  220.0
  23 ILE  PHI    -200.0  -80.0
  23 ILE  PSI      40.0  220.0
  25 ARG  PHI    -120.0    80.0
  25 ARG  PSI    -100.0    60.0
  28 VAL  PHI    -120.0    80.0
  28 VAL  PSI    -100.0    60.0
  30 GLU  PHI    -200.0  -80.0
  30 GLU  PSI      40.0  220.0
  31 LEU  PHI    -200.0  -80.0
  31 LEU  PSI      40.0  220.0
  32 LEU  PHI    -200.0  -80.0
  32 LEU  PSI      40.0  220.0           
              ...
109 SER  PHI    -200.0  -80.0
109 SER  PSI      40.0  220.0
112 SER  PHI    -200.0  -80.0
112 SER  PSI      40.0  220.0
113 SER  PHI    -200.0  -80.0
113 SER  PSI      40.0  220.0


column 1: residue number
# column 1: residue number
 
# column 2: amino acid
column 2: amino acid
# column 3: angle identifier
 
# column 4: the angle's lower limit
column 3: angle identifier
# column 5: the angle's upper limit
 
 
column 4: the angle's lower limit
    6 SER  PHI    -200.0  -80.0
 
    6 SER  PSI      40.0  220.0
column 5: the angle's upper limit
  10 GLN  PHI    -200.0  -80.0
  10 GLN  PSI      40.0  220.0
  11 LYS  PHI    -200.0  -80.0
  11 LYS  PSI      40.0  220.0
  15 GLU  PHI    -200.0  -80.0
  15 GLU  PSI      40.0  220.0
  16 GLN  PHI    -200.0  -80.0
  16 GLN  PSI      40.0  220.0
  18 TRP  PHI    -200.0  -80.0
  18 TRP  PSI      40.0  220.0
  19 TYR  PHI    -200.0  -80.0
  19 TYR  PSI      40.0  220.0
  22 ALA  PHI    -200.0  -80.0
  22 ALA  PSI      40.0  220.0
  23 ILE  PHI    -200.0  -80.0
  23 ILE  PSI      40.0  220.0
  25 ARG  PHI    -120.0    80.0
  25 ARG  PSI    -100.0    60.0
  28 VAL  PHI    -120.0    80.0
  28 VAL  PSI    -100.0    60.0
  30 GLU  PHI    -200.0  -80.0
  30 GLU  PSI      40.0  220.0
  31 LEU  PHI    -200.0  -80.0
  31 LEU  PSI      40.0  220.0
  32 LEU  PHI    -200.0  -80.0
  32 LEU  PSI      40.0  220.0
  37 ASP  PHI    -200.0  -80.0
  37 ASP  PSI      40.0  220.0
  38 PHE  PHI    -200.0  -80.0
  38 PHE  PSI      40.0  220.0
  39 LEU  PHI    -200.0  -80.0
  39 LEU  PSI      40.0  220.0
  40 VAL  PHI    -200.0  -80.0
  40 VAL  PSI      40.0  220.0
  41 ARG  PHI    -200.0  -80.0
  41 ARG  PSI      40.0  220.0
  42 GLU  PHI    -200.0  -80.0
  42 GLU  PSI      40.0  220.0
  43 SER  PHI    -200.0  -80.0
  43 SER  PSI      40.0  220.0
  46 LYS  PHI    -200.0  -80.0
  46 LYS  PSI      40.0  220.0
  47 GLN  PHI    -200.0  -80.0
  47 GLN  PSI      40.0  220.0
  48 GLU  PHI    -200.0  -80.0
  48 GLU  PSI      40.0  220.0
  49 TYR  PHI    -200.0  -80.0
  49 TYR  PSI      40.0  220.0
  50 VAL  PHI    -200.0  -80.0
  50 VAL  PSI      40.0  220.0
  51 LEU  PHI    -200.0  -80.0
  51 LEU  PSI      40.0  220.0
  52 SER  PHI    -200.0  -80.0
  52 SER  PSI      40.0  220.0
  53 VAL  PHI    -200.0  -80.0
  53 VAL  PSI      40.0  220.0
  54 LEU  PHI    -200.0  -80.0
  54 LEU  PSI      40.0  220.0
  55 TRP  PHI    -200.0  -80.0
  55 TRP  PSI      40.0  220.0
  58 LEU  PHI    -200.0  -80.0
  58 LEU  PSI      40.0  220.0
  60 ARG  PHI    -200.0  -80.0
  60 ARG  PSI      40.0  220.0
  62 PHE  PHI    -200.0  -80.0
  62 PHE  PSI      40.0  220.0
  65 GLN  PHI    -200.0  -80.0
  65 GLN  PSI      40.0  220.0
  66 SER  PHI    -200.0  -80.0
  66 SER  PSI      40.0  220.0
  67 LEU  PHI    -200.0  -80.0
  67 LEU  PSI      40.0  220.0
  70 LEU  PHI    -200.0  -80.0
  70 LEU  PSI      40.0  220.0
  71 TYR  PHI    -200.0  -80.0
  71 TYR  PSI      40.0  220.0
  72 ARG  PHI    -200.0  -80.0
  72 ARG  PSI      40.0  220.0
  74 GLU  PHI    -200.0  -80.0
  74 GLU  PSI      40.0  220.0
  76 GLU  PHI    -200.0  -80.0
  76 GLU  PSI      40.0  220.0
  78 PHE  PHI    -200.0  -80.0
  78 PHE  PSI      40.0  220.0
  80 SER  PHI    -200.0  -80.0
  80 SER  PSI      40.0  220.0
  81 ILE  PHI    -120.0  -20.0
  81 ILE  PSI    -100.0    0.0
  85 ILE  PHI    -200.0  -80.0
  85 ILE  PSI      40.0  220.0
  92 GLN  PHI    -200.0  -80.0
  92 GLN  PSI      40.0  220.0
  93 GLN  PHI    -200.0  -80.0
  93 GLN  PSI      40.0  220.0
  96 THR  PHI    -200.0  -80.0
  96 THR  PSI      40.0  220.0
  101 VAL  PHI    -200.0  -80.0
  101 VAL  PSI      40.0  220.0
  102 VAL  PHI    -200.0  -80.0
  102 VAL  PSI      40.0  220.0
  103 LEU  PHI    -200.0  -80.0
  103 LEU  PSI      40.0  220.0
  105 ARG  PHI    -200.0  -80.0
  105 ARG  PSI      40.0  220.0
  106 ALA  PHI    -200.0  -80.0
  106 ALA  PSI      40.0  220.0
  107 VAL  PHI    -200.0  -80.0
  107 VAL  PSI      40.0  220.0
  109 SER  PHI    -200.0  -80.0
  109 SER  PSI      40.0  220.0
  112 SER  PHI    -200.0  -80.0
  112 SER  PSI      40.0  220.0
  113 SER  PHI    -200.0  -80.0
  113 SER  PSI      40.0  220.0

Latest revision as of 18:22, 19 July 2009

Dihedral angle constraint files contain direct constraints on individual dihedral angles in the form of an allowed interval [φ1,φ2] with φ1<φ2<φ1+360°. This implies that the allowed interval must not degenerate to a point. A data line contains the residue number, the residue name, the dihedral angle name, the lower and upper bounds of the allowed interval in degrees, and, optionally, the relative weight of the constraint. The default relative weight is 1. Relative weights should be positive. The weight of a constraint in the target function equals the relative weight times the weighting factor for the corresponding type of constraints. 

# column 1: residue number
# column 2: amino acid
# column 3: angle identifier
# column 4: the angle's lower limit
# column 5: the angle's upper limit
 
   6 SER   PHI    -200.0   -80.0
   6 SER   PSI      40.0   220.0
  10 GLN   PHI    -200.0   -80.0
  10 GLN   PSI      40.0   220.0
  11 LYS   PHI    -200.0   -80.0
  11 LYS   PSI      40.0   220.0
  15 GLU   PHI    -200.0   -80.0
  15 GLU   PSI      40.0   220.0
  16 GLN   PHI    -200.0   -80.0
  16 GLN   PSI      40.0   220.0
  18 TRP   PHI    -200.0   -80.0
  18 TRP   PSI      40.0   220.0
  19 TYR   PHI    -200.0   -80.0
  19 TYR   PSI      40.0   220.0
  22 ALA   PHI    -200.0   -80.0
  22 ALA   PSI      40.0   220.0
  23 ILE   PHI    -200.0   -80.0
  23 ILE   PSI      40.0   220.0
  25 ARG   PHI    -120.0    80.0
  25 ARG   PSI    -100.0    60.0
  28 VAL   PHI    -120.0    80.0
  28 VAL   PSI    -100.0    60.0
  30 GLU   PHI    -200.0   -80.0
  30 GLU   PSI      40.0   220.0
  31 LEU   PHI    -200.0   -80.0
  31 LEU   PSI      40.0   220.0
  32 LEU   PHI    -200.0   -80.0
  32 LEU   PSI      40.0   220.0
  37 ASP   PHI    -200.0   -80.0
  37 ASP   PSI      40.0   220.0
  38 PHE   PHI    -200.0   -80.0
  38 PHE   PSI      40.0   220.0
  39 LEU   PHI    -200.0   -80.0
  39 LEU   PSI      40.0   220.0
  40 VAL   PHI    -200.0   -80.0
  40 VAL   PSI      40.0   220.0
  41 ARG   PHI    -200.0   -80.0
  41 ARG   PSI      40.0   220.0
  42 GLU   PHI    -200.0   -80.0
  42 GLU   PSI      40.0   220.0
  43 SER   PHI    -200.0   -80.0
  43 SER   PSI      40.0   220.0
  46 LYS   PHI    -200.0   -80.0
  46 LYS   PSI      40.0   220.0
  47 GLN   PHI    -200.0   -80.0
  47 GLN   PSI      40.0   220.0
  48 GLU   PHI    -200.0   -80.0
  48 GLU   PSI      40.0   220.0
  49 TYR   PHI    -200.0   -80.0
  49 TYR   PSI      40.0   220.0
  50 VAL   PHI    -200.0   -80.0
  50 VAL   PSI      40.0   220.0
  51 LEU   PHI    -200.0   -80.0
  51 LEU   PSI      40.0   220.0
  52 SER   PHI    -200.0   -80.0
  52 SER   PSI      40.0   220.0
  53 VAL   PHI    -200.0   -80.0
  53 VAL   PSI      40.0   220.0
  54 LEU   PHI    -200.0   -80.0
  54 LEU   PSI      40.0   220.0
  55 TRP   PHI    -200.0   -80.0
  55 TRP   PSI      40.0   220.0
  58 LEU   PHI    -200.0   -80.0
  58 LEU   PSI      40.0   220.0
  60 ARG   PHI    -200.0   -80.0
  60 ARG   PSI      40.0   220.0
  62 PHE   PHI    -200.0   -80.0
  62 PHE   PSI      40.0   220.0
  65 GLN   PHI    -200.0   -80.0
  65 GLN   PSI      40.0   220.0
  66 SER   PHI    -200.0   -80.0
  66 SER   PSI      40.0   220.0
  67 LEU   PHI    -200.0   -80.0
  67 LEU   PSI      40.0   220.0
  70 LEU   PHI    -200.0   -80.0
  70 LEU   PSI      40.0   220.0
  71 TYR   PHI    -200.0   -80.0
  71 TYR   PSI      40.0   220.0
  72 ARG   PHI    -200.0   -80.0
  72 ARG   PSI      40.0   220.0
  74 GLU   PHI    -200.0   -80.0
  74 GLU   PSI      40.0   220.0
  76 GLU   PHI    -200.0   -80.0
  76 GLU   PSI      40.0   220.0
  78 PHE   PHI    -200.0   -80.0
  78 PHE   PSI      40.0   220.0
  80 SER   PHI    -200.0   -80.0
  80 SER   PSI      40.0   220.0
  81 ILE   PHI    -120.0   -20.0
  81 ILE   PSI    -100.0     0.0
  85 ILE   PHI    -200.0   -80.0
  85 ILE   PSI      40.0   220.0
  92 GLN   PHI    -200.0   -80.0
  92 GLN   PSI      40.0   220.0
  93 GLN   PHI    -200.0   -80.0
  93 GLN   PSI      40.0   220.0
  96 THR   PHI    -200.0   -80.0
  96 THR   PSI      40.0   220.0
 101 VAL   PHI    -200.0   -80.0
 101 VAL   PSI      40.0   220.0
 102 VAL   PHI    -200.0   -80.0
 102 VAL   PSI      40.0   220.0
 103 LEU   PHI    -200.0   -80.0
 103 LEU   PSI      40.0   220.0
 105 ARG   PHI    -200.0   -80.0
 105 ARG   PSI      40.0   220.0
 106 ALA   PHI    -200.0   -80.0
 106 ALA   PSI      40.0   220.0
 107 VAL   PHI    -200.0   -80.0
 107 VAL   PSI      40.0   220.0
 109 SER   PHI    -200.0   -80.0
 109 SER   PSI      40.0   220.0
 112 SER   PHI    -200.0   -80.0
 112 SER   PSI      40.0   220.0
 113 SER   PHI    -200.0   -80.0
 113 SER   PSI      40.0   220.0
Retrieved from "https://cyana.org/w/index.php?title=Torsion_angle_restraint_file&oldid=6579"